À la fin des années 1940, la SCHN se concentre activement à l’expansion du mouvement des CJN, tendance qui s’accentue davantage dans les années 1950. En 1952, la SCHN travaille ardemment à l’organisation de l’exposition internationale et au congrès des CJN. En 1953, elle achète la revue Sciences et Aventures afin de doter les CJN d’un organe d’information officiel. Elle procède aussi, en 1954, à la location d’un terrain du Gouvernement du Québec au lac Ouareau afin d’organiser un camp pour les jeunes naturalistes. En 1956, elle met beaucoup d’efforts à l’organisation d’une exposition dans le cadre des festivités marquant le vint-cinquième anniversaire de fondation des CJN.

Bien que la SCHN, en 1942, ait reconnu officiellement l’existence des CJN par des amendements à sa constitution puis par la mise en place de règlements distincts précisant leur fonctionnement, le mouvement des CJN qui a atteint sa maturité, aspire à une plus grande autonomie. Ainsi, les CJN s’incorporent et obtiennent leurs lettres patentes le 29 octobre 1957, laissant la SCHN face à une difficile transition.

Malgré son désir, en 1957, de réviser sa constitution, de formuler un nouveau programme adapté aux adultes et de recruter de nouveaux membres, suite au départ des CJN, les activités de la SCHN iront en périclitant. À partir de 1959, elle n’exerce plus aucune animation et malgré une tentative, en 1966, pour la relancer, elle se voit officiellement dissoute en 1972. Grâce à la création du mouvement des CJN, la SCHN a contribué de façon majeure à l’éveil scientifique des jeunes canadiens français, oeuvre qui se poursuit toujours à travers les CJN.