Tribune d’idées et d’initiatives, entre 1925 et 1940, la SCHN parraine les projets de mise sur pied du Jardin botanique de Montréal (ouverture au public à la fin des années 1930) et de l’Institut de géologie (1938) et se voit chargée, en 1935, suivant une entente avec le Gouvernement du Québec et l’ACFAS, d’une campagne dédiée à la protection des ressources naturelles. Toutefois, la plus grande réalisation de la SCHN demeure la création en 1931 du mouvement des Cercles des jeunes naturalistes (CJN), mouvement initié suite à l’énorme succès remporté par un concours de botanique lancée par le biais du journal Le Devoir à l’été 1930 sous le patronage de la SCHN.

Affilié à la SCHN et administré par une Commission, le mouvement des CJN a pour but l’éveil et la diffusion de l’étude des sciences naturelles chez les jeunes de 8 à 17 ans. La SCHN administre le mouvement et s’y implique activement (rédaction et distribution d’articles de vulgarisation, de listes des cercles et d’albums souvenirs d’expositions).

En 1939, entravée par l’effort de guerre et le manque de subvention, la SCHN réduit ses activités. Le début des années 1940 est marqué par des changements au niveau de l’orientation, du fonctionnement et des activités qui lui permettent de trouver un meilleur équilibre entre les échanges techniques et la vulgarisation. En 1945, la SCHN s’incorpore à titre de compagnie sans but lucratif. En 1947, Henri Prat, nouveau président de la Société, favorise un nouvel essor de la SCHN et des CJN, notamment par l’introduction d’activités et de publications bilingues, la création de cercles de langue anglaise et l’intensification des relations externes. En 1949, dans ce même esprit, le Cercle des naturalistes amateurs (CNA), filiale pour adultes, est créé comme une suite logique aux CJN.